Setelah tiba waktu yang dijanjikan, Allah menghujani dengan amat dahsyat penduduk Sodom dengan batu dari tanah liat yang membatu, dan negeri mereka ditelungkupkan oleh Allah. Dengan demikian, hancurlah penduduk kota Sodom beserta kotanya. Allah berfirman:
Maka ketika keputusan Kami datang, Kami menjungkirbalikkan negeri kaum Lut, dan Kami hujani mereka bertubi-tubi dengan batu dari tanah yang terbakar, yang diberi tanda oleh Tuhanmu. Dan siksaan itu tiadalah jauh dari orang yang zalim. (Hud/11: 82-83).
Tidak lama setelah kaum Nabi Lut hancur, negeri mereka lalu digenangi air. Akhir-akhir ini telah ditemukan bekas-bekas kota Sodom yaitu di pantai Buḥairah Lut, di bagian selatan Laut Mati (al-Bahrul Mayyit). Adapun Nabi Lut dan pengikutnya pindah ke Zoar, sebuah kota tua di Kanaan.